1、副作用一：抗药性。
长期使用抗生素会使儿童患者产生抗药性。抗生素对某一种病原微生物抑制和杀死的同时，可能会使某些非敏感微生物菌群产生基因突变而成为耐药菌，从而使这些病菌具有了对抗抗生素的能力，久而久之药品就会失效。因此治疗儿童糖尿病肾病时要慎用抗生素，以免出现抗药性。
2、副作用二：损伤体内微生物。
可以说抗生素本身就是一种有杀菌的作用毒药，但它不具有"识别"好菌坏菌的能力。儿童患有感染时，根本原因是由于其体内的有害病原微生物在作怪，而抗生素进入人体内，在杀灭有害菌的同时还会对体内的一些有益微生物一起灭杀，所以抗生素可以把患儿体内的其他有用微生物破坏掉。所以患有儿童糖尿病肾病的患者最好少用抗生素，同时其他疾病也一样，最好少用，不用抗生素。
3、副作用三：增生其他细菌。
治疗儿童糖尿病肾病时使用某种抗生素时，这种抗生素会杀死对此类抗生素敏感的细菌，可是儿童糖尿病肾病患者体内体内却可出现对这种抗生素不敏感的其他种类的细菌，因此会引发细菌增生；儿童糖尿病肾病患者使用抗生素会出现真菌替代细菌增生，产生新的病菌。目前对真菌有效的药物很少，因此一旦真菌感染非常难治疗，容易使病情恶化而发展为尿毒症等更加难以治疗的肾病。因此儿童糖尿病肾病患者要警惕抗生素，以免造成更多的疾病，最后发展为无法治疗。
4、副作用四：损伤原有抗体。
儿童糖尿病肾病患者如果长时间使用抗生素或者类抗生素药物，那么就会使体内的抗体受到破坏导致儿童的免疫力下降，进而可能产生基因突变等难以控制的病情或者造成某些无法预料的对儿童健康不好的变化。
5、副作用五：维生素合成降低。
治疗儿童糖尿病生病长期使用抗生素可导致儿童体内维生素的合成降低。儿童糖尿病肾病患者长期应用抗生素还会引起肠道内的细菌减少导致由使由这些细菌合成的维生素（B族）缺乏造成患儿的营养不良致使儿童身体的免疫能力，抗病能力更加弱。
抗生素虽然是治病见效快的有效药物，但是同时也会致使儿童糖尿病肾病患者出现抗药性，机体免疫力差以及抗病能力差等这些可以阻止儿童糖尿病肾病根本恢复的病症。因此儿童糖尿病肾病的治疗一定要警惕抗生素的过量使用，一定要控制在一个安全范围之内，最好是不用抗生素，治疗儿童糖尿病肾病可以采用中药治疗的温和的方法，尽管治疗时间长，见效慢，但是却可以从根本上治疗儿童糖尿病肾病，同时对儿童还没有健康危害。
