1、通常血糖仪检测的是末梢血——全血，而生化方法检测的是静脉血浆或静脉血清，两者本身存在一定的差异。一般来讲，空腹时末梢血糖与静脉血糖较接近，而餐后或服糖后，由于末梢血是毛细血管血，此时的末梢血糖要略高于静脉血糖，两者差值约为1.1—3.9mmol/L。因此，在与生化方法对比之前，测试者最好空腹8小时以上。值得注意的是有些血糖仪检测的是末梢全血糖而有些血糖仪检测的是末梢血浆糖，全血血糖要低于血浆血糖。现在药店里的血糖仪大多显示的是血浆血糖值。
2、血糖仪使用不当造成的误差也是最常见的问题。如未按说明书的要求进行操作、血量不充分或因血量不够局部过分挤压导致组织液混入、消毒皮肤的酒精未干、血糖试纸受潮或失效等等，都会造成检测数值偏低。
3、非同一时间血糖值缺乏可比性。病友的血糖因受自身激素水平变化、情绪、饮食、运动以及药物等因素的影响。一天24小时的血糖值每时每刻都在变化，甚至在某些时段波动很大，在进行血糖数值的比较时，如不在同一时间进行，其结果可能会相差很大。
4、由于医院生化检测流程造成的操作或系统误差。不同地区、不同医院选用的生化仪型号和试剂不同，血样本处理方法不同等均会影响测试结果，尤其是采血至检验间隔时间过长会使血中葡萄糖分解而造成数值偏低，若环境温度偏高就更为明显。
