1.血糖水平。HbA1c和平均血糖、空腹血糖及餐后血糖都有很好的相关性。有研究指出，相比单个时间点来说，下午及夜间的血糖（午餐后、晚餐前后及睡前）与HbA1c的相关性较上午的时间点（早餐前后及午餐前）更强。
2.年龄。HbA1c与年龄显着相关，HbA1c水平随着年龄的增长而升高，年龄每增加1岁，HbA1c将增加0.012％（FOS数据库）或0.010％（NHANES数据库）。然而，也有一些研究发现HbA1c与年龄不相关。
3.血红蛋白的类型及水平。HbA1c是红细胞中血红蛋白与葡萄糖持续且不可逆地进行非酶促蛋白糖基化反应的产物，因此任何引起血红蛋白数量与质量变化的因素都会对HbA1c的测定结果产生影响。例如异常血红蛋白病是一组由于遗传密码错误，最终形成结构异常的血红蛋白所产生的疾病（如镰状细胞贫血、地中海贫血）。目前许多检测方法可以对大部分常见的血红蛋白亚型进行校正，不过仍然有一些方法检测结果会受血红蛋白的亚型干扰。
4.地域。这个影响也是因为血红蛋白水平差异导致的，分析显示处于高海拔地区人群的HbA1c检测结果时需要特别谨慎，所测数值不能真实反应平均血糖水平。
5.红细胞寿命。影响红细胞寿命的因素亦会导致HbA1c结果不准确，比如溶血性贫血、慢性疟疾、接受透析的尿毒症、大量失血或输血时导致红细胞寿命变短，因此HbA1c数值降低。相反，脾切除术等情况下HbA1c数值升高。
6.饮食和药物。虽然说测定HbA1c不用空腹，因为它受饮食因素影响小，但是一些保健品和药物摄入对HbA1c的测定值有影响。研究表明，大剂量水杨酸盐、维生素C和维生素E以及严重的铁缺乏都会影响HbA1c的检测结果。维生素C和维生素E可以抑制血红蛋白的糖基化从而使HbA1c结果偏低。某些抗感染治疗药物通过降低血浆中TNF-a水平及改善胰岛素抵抗，可以降低HbA1c。
7.其他。妊娠期女性血容量增加，血色素降低，因此其HbA1c水平比非妊娠妇女低，不能真实反应平均血糖水平。此外，导致肝脏疾病的最常见病因如酗酒和肝炎，可能通过干扰红细胞生成及降低红细胞寿命使HbA1c检测结果降低。还有一些疾病和所用药物也会对HbA1c水平造成影响。
