严格地讲，1型糖尿病的病因和发病机制非常复杂，至今尚未完全阐明，但可以肯定它也是一种与多基因相关的复杂遗传性疾病。有遗传因素能称之为遗传病吗?那要看遗传因素在疾病发生发展中所占的比重。遗传因素在1型糖尿病的病因中占有重要地位。
目前普遍认为患者从父母所遗传获得的只是疾病易感性，也就是有易感基因的存在，但这些易感基因只是增加了发病的几率，要与内环境或外环境中的某些因素相互作用才可能发病。
研究者们鉴别出了几种不同的基因，这些基因的异常就会使得某个个体有可能发展成1型糖尿病。然而，至今为止还没有发现任何一种单一的基因类型，只要遗传它就会得糖尿病。所知道的这几种基因都还只能称为是“易感基因”。
研究最多的是“人白细胞抗原”基因，这是一套能解码为“抗原”蛋白分子的基因，这些分子就像细胞的身份证明，告诉免疫细胞“我们是自家人”，所以免疫细胞就不会伤害具有这些标志的自体组织细胞。如果某些基因变异所解码的蛋白分子就不一样了，就像细胞用了一个错误的身份证明，免疫系统就会把它当成“外来入侵者”加以抗击，这就是“自身免疫”。
如果胰岛的B细胞表面贴上了错误标签，免疫细胞就把它看做是“非我”，大量激活的淋巴细胞组成的兵团就把胰岛层层围住给以攻击，在显微镜下呈现出“胰岛炎”的表现。由于B细胞大量死伤不能生产胰岛素，导致机体胰岛素的绝对缺乏，1型糖尿病就发生了。这就是最常见的免疫介导型1型糖尿病的发病基本病理机制。这一破坏过程可以持续几个月或者数年，每个患者都不相同。
