肠道菌群是指大量定植在人体消化道内的微生物。成人肠道栖息约1014数量级的细菌，总重1-1.5kg，几乎是成人自身细胞个数的10倍。肠道菌群的基因组信息综合为肠道元基因组，是影响人体健康的人类第二基因组，其与人体基因组一起通过与环境条件的相互作用，影响人体病理生理状态。
肥胖是产生胰岛素抵抗的重要因素，而胰岛素抵抗是2型糖尿病的致病机制。有学者利用全基因组关联分析，将169名肥胖者和123名非肥胖者按肠道菌群基因数分为低菌群基因组和高菌群基因组。研究结果提示，低菌群基因组比高菌群基因组体脂含量升高，有更明显的胰岛素抵抗和炎性反应。另有研究发现，2型糖尿病患者存在菌群失调，表现为双歧杆菌和普通类杆菌数量明显降低而粪肠球菌数量明显增加。
随着研究的不断深入，目前认为肠道菌群通过影响能量吸收、脂肪合成以及代谢性内毒素血症所引起的慢性系统性炎症，从而导致肥胖及胰岛素抵抗，最终可能引起糖尿病的发生。
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